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食品微生物檢驗是確保食品安全的重要手段之一。在我國，食品微生物檢驗的指標包括菌落總數、大腸菌群和致病菌三項。這些指標可以反映食品的新鮮度、衛生狀況和安全程度，幫助判斷食品是否符合衛生要求。
菌落總數
菌落總數是指食品檢樣經過處理，在一定條件下培養后所得1克或1毫升檢樣中所含細菌菌落的總數。它可以反映食品中的細菌總數，評價食品的衛生質量。菌落總數越高，表示食品受到細菌污染的程度越高，也就越不衛生。
大腸菌群
大腸菌群包括大腸桿菌和產氣桿菌的一些中間類型的細菌。這些細菌是寄居于人及溫血動物腸道內的腸居菌，它隨著的大便排出體外。食品中如果大腸菌群數越多，說明食品受糞便污染的程度越大。因此，以大腸菌群作為糞便污染食品的衛生指標來評價食品的質量，具有廣泛的意義。
致病菌
致病菌既能夠引起人們發病的細菌。在食品微生物檢驗中，主要是檢查沙門氏菌、志賀氏菌等致病菌。如果食品中檢出沙門氏菌、志賀氏菌等致病菌，就認為是食品被致病菌污染了。
除了以上三項指標外，我國還沒有制定出霉菌及其毒素的指標。但是，霉菌及其毒素對食品的衛生質量也有重要影響，因此，霉菌及其毒素的檢驗也是食品微生物檢驗的重要內容之一。此外，我國也沒有制定出乳酸菌的指標，但乳酸菌對人體健康有益，因此在一些特殊食品中（如酸奶中），乳酸菌數是作為食品合格的指標之一。
總之，食品微生物檢驗是確保食品安全的重要手段，其指標包括菌落總數、大腸菌群、致病菌以及霉菌及其毒素等
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